Zatoka Gdańska jest największą zatoką polskiego wybrzeża Bałtyku. Ma zróżnicowane zasolenie – od 8 ‰ dla wód przypowierzchniowych do 13‰ dla wód przydennych. Posiada dobrą wymianę wód z otwartym morzem. Stanowi południowy kraniec akwenu, w obrębie którego zawarty jest basen sedymentacyjny – Głębia Gdańska. W nim następuje odkładanie zawiesin i zanieczyszczeń wprowadzanych do zatoki z wodami Wisły oraz z aglomeracji trójmiejskiej. W części południowej wybrzeże zatoki stanowi wał Mierzei Wiślanej.
